Mnogi muzički instrumenti koji su danas u upotrebi nastali su u doba baroka. Barokne forme ovih instrumenata se po zvuku razlikuju od svojih naslednika. U to doba je ideal bio da instrumenti podsećaju na ljudski glas. Gudački instrumenti (recimo barokna violina), ali i drveni duvački instrumenti su zvučali tiše i manje zvonko, ali sa mekšom bojom tona.U doba baroka je nestala velika raznovrsnost muzičkih instrumenata koja je postojala u renesansi. Blok flauta se koristi kao solo instrument i istiskuje poprečnu flautu. Trščani renesansni instrumenti su potpuno nestali. Od šalmaja se razvio tiši instrument, današnja oboa. Dulcijan i ranket, koji su još korišćeni u doba ranog baroka, zamenio je fagot. Međulimenim duvačkim instrumentima, pojavili su se trombon i rog. Rog je kasnije potisnula barokna truba i violina. Kod gudača, nestale su lire, rebeci i instrumenti „da gamba“, a zamenila ih je porodica violinskih instrumenata. Harfa i lauta su zadržane, ali su unapređene. U Italiji se od mandore razvila mandolina. Od udaraljki iz doba renesanse zadržali su se jedino timpani. Cimbala su se pojavila u Saksoniji i Italiji (pod imenom Salterio), i delom proširili po Evropi. Za francusku baroknu muziku je karakteristična uporteba nekih starih instrumenata, poput orguljica ili gajdi.U baroku se standardizuju orkestri, zasnovani na gudačkim instrumentima pojačanim duvačima, i time istiskuju proizvoljne muzičke sastave karakteristične za renesansu. Prvi značajni barokni orkestri formirali su se u Drezdenu i Varšavi. Instrumenti sa klavijaturama, poput čembala i orgulja, doživeli su ekspanziju, jer su mehanička unapređenja značajno uvećala njihov registar.